1947年中统局改组成为中国中央执行委员会党员通讯局，陈立夫等人经过多方的活动，终于保住了中统的核心框架，党通局实际上就是缩减了的中统局。1948年中旬，随着社会形势的不断变化，国共双方展开了激烈的内战，为了获得上的主动权，以蒋介石为首的南京国民政府，宣布将结束训政，实行宪政，要“还政于民”。在这样一种背景下，属于党务系统的各级党部及其所属机关也就不好再从国库中支取活动经费了，党通局的前途再次让陈立夫等人伤透了脑筋。

　　既然党务系统要“自力更生”，那么作为中央党部下属机构的党通局自然也是如此。前节说到为了解决这一问题，陈立夫从1946年开始时就着手把党通局的一些机构分散到行政部门里，但是指挥控制权仍把持在自己手中。但是随着党务经费的日益困难，人们对附属于中央党部的党通局存在的必要性产生了怀疑，因此陈立夫又在想办法把党通局完整地从党务系统完全分离出去，成为行政系统的一部分，这样既可以继续利用这支特务组织，又能减轻经费和的压力。

　　早在抗战胜利后在议论两统的出路时，陈立夫等人就曾想到把中统局整体分离到国民政府司法院行政司法部，并拟其名称为“司法行政部调查统计局”，如果这个方案得到通过的话，那么按惯例党通局局长叶秀峰极有可能被任命为司法院司法行政部常务次长，加上“CC”系原本就在司法院内颇有实力，这样就能进一步控制司法系统了，而特务组织得到司法系统这层外衣，以后在各种行动上将大为方便。但是这个提案当时因遭到了司法院长居正等人的强烈反对而未能通过。这次陈立夫再次提出此议案，并提交立法院讨论。

　　1948年7月，陈立夫等人把筹划好的《司法行政部调查局条例》的草案送交立法院法制委员会审查，但是谁知立法院的“CC”派联合起来反对这一提案，致使提案搁浅。而时任立法委员的沈重宇等人则认为：“与其把党通局划归司法行政部，不如划归内政部，这样既可以避免中统借法律做护身符，肆意胡作非为，同时若中统划归内政部就可以与控制着内政部系统的保密局互相牵制。”其他立法委员也大多同意他们的意见。这样，等到《司法行政部调查局条例》草案受阻后，沈重宇等人立即提出成立内政部调查局的提案，这一提案的署名者多达170余人，超过了全体立法委员的半数。据沈重宇回忆，在立议上讨论这一提案时，“在大会发言和讨论的过程中，不少委员颇不客气地揭露和斥责了中统特务目无法纪、胡作乱为的罪行，还牵扯到某些不为人知的黑幕丑闻，吸引了南京、上海界的注意。”

　　这样的结果大大出乎二陈兄弟的预料，他们本来以为“CC”系在立法院占据的席位具有优势。本来在1948年5月举行的立法院副院长选举中，陈立夫依靠蒋介石和在立法院中的“CC”分子的支持，经过一番努力后，终于击败反“CC”系联合阵线提名的傅斯年，当选为“行宪”之后的第一届立法院副院长的职位。陈立夫在掌握了党务大权后又顺利地在立法系统里占有一席之地，他认为在这样的情况下通过这一提案应该不难，谁料不仅提案未获通过，反而被反“CC”系的立委摆了一道。他们不仅联合了各种反“CC”势力，甚至连属于“CC”系的分子也因为缺乏智慧且摸不清事情的背景和底细，被其他人连哄带骗的在成立内政部调查局的提案上签了名。这样，“CC”系想通过党通局挂靠司法行政部进而攫取司法权的努力宣告失败，陈立夫等人也只能接受这样的事实。

　　自1948年开始，在国共内战中兵败如山倒，大批的军队或被歼或被俘或是起义。截止1948年6月，军队共被歼灭92个半旅，共计93万余人，其总兵力下降到360余万人，而其能直接投入到前线余万人，还被分割在东北、华北、西北、中原等数个战场。而此时的解放军则已经发展到280余万人，并且斗争气势高涨。曾认为有把握在6个月之内消灭党的蒋介石此时心急如焚，他一面重新部署军队，改编军事编制；一面想好自己的退路，开始不断地向运送物资，以防一旦军事失利就退据以求“东山再起”。

　　既然连蒋介石都想好了退路，那么其他的官员们当然也对战争失去了信心，他们也在为自己的前途找出路。从1948年12月起，党通局局长叶秀峰就已经在为自己和党通局准备后路了。他首先将党通局本部所有人员尚在南京的家属乘包下的几节车厢，经过上海、杭州，送往湖南衡阳事先已经租下的几十间相距不远的民房居住，随后又分别派遣人员赶赴台北和广州寻找适合的办公场所，为将来的迁移作准备，并且还在台北租下了不少较有档次的住宅，以作党通局高层领导及其家属人员将来退往时的居所。党通局另外3个外延单位的人员也于1949年2月按照各自挂靠的行政机关的安排，迁往广东。由于南迁人员过多，交通秩序混乱，一些党通局分子留滞上海不能前行，他们要求叶秀峰帮助解决交通问题，并提出要党通局给予自己遣散费。叶秀峰起初借口自己生病不肯见面，只由郭紫峻和季源溥两位副局长出面安抚，但是这些人态度强硬，甚至扬言要强行与叶秀峰见面，声称若是问题不解决叶秀峰就休想离开。最后叶秀峰无法，只能拿出了一笔钱给了要求离去的人作为遣散费，另外一些人则安排他们乘海轮前往广州，暂时安置在佛山的一个祠堂里。

　　政府迁到广州后，立法院正式讨论了在内政部下增设调查局的提案，这次的提案顺利获得了通过。1949年5月内政部调查局宣布成立，简称内调局，从党务系统划归到行政系统。这时的内政部长已经不是原来亲“CC”系的张厉生，而改由桂系的李汉魂担任。李本来也是不愿意接受这么个特务机关到自己的部门里，但是既然提案已经在立议上通过，他也就只能接受。内调局局长的位子李汉魂也没有任命权，而只能是按照双方的事先安排让原党通局副局长季源溥担任内调局局长，但是李汉魂为了不让内调局成为针插不进、水泼不进的独立王国，他提出让非党通局分子张益民来担任内调局的副局长，为了同李汉魂搞好关系，党通局也同意了他的交换条件。这样，中统在经过短暂的党通局时代后，又摇身一变成为了内政部调查局。内调局成立后，这个已经元气大伤的特务组织内部再次掀起了权利之争。

　　内调局的成立让叶秀峰处于一种较为尴尬的状态，他身为中央委员，属于部长级别，自然不便于降格担任内调局的局长。但是他又不愿意把内调局局长的位子轻易给他人，因此他企图一面以党通局局长的名义在幕后控制内调局，另一面打算保荐他的亲信原中统局督察室主任王保身出任内调局局长。这样在内调局内部，竞争局长的人就有3个，分别是原党通局副局长季源溥、曾任中统局主任秘书的王思诚和王保身。

　　季源溥，江苏沭阳人，原是汪精卫的人，1932年前后投靠中统，后担任特工总部南京实验区区长、上海市局侦缉总队队长、铁道部劳工科科长、交通部调查室主任。1944年季回到中统局本部担任第二处处长，日本投降后以中统局特派专员身份担任上海办事处处长，1947年党通局成立后担任了副局长。他虽然不能称得上是中统的元老，但是他凭借立下的诸多“汗马功劳”在中统内部的升迁速度仅次于叛徒顾顺章，1947年他主持破坏了华东局在上海的一个秘密据点，逮捕30余人，是抗战胜利后中统破坏地下组织的最大的一案。在中统（党通局）内部，从本部到地方都有季源溥的关系。

　　王思诚，四川白沙人，中央军校第六期特警班毕业。毕业后参加调查科，属于中统初创人员之一，进入调查科后担任特工总部首都试验区区长、机要室。中统局成立后，担任局本部第二组（即党派工作组）组长，1942年升任局本部秘书，后又调任粮食部任督导室主任。其为人老成持重，工作能力颇强，深得中统局高层，尤其是徐恩曾的信任。徐恩曾在担任交通部政务次长后，主要在交通部办公，因而去中统局的次数就减少了，他便将私章交给了王思诚，除了重大问题需要向徐恩曾请示决定外，其他的一般问题都由王思诚自行办理，可见徐恩曾对其信任度之深。王思诚在中统多年，各种文件大都由他作最后修改或直接出于他的手笔，因此他又号称中统内的党派工作专家。

　　在这三人的权力角逐中，叶秀峰起初属意的王保身资历浅、人缘差，因而最不具有竞争力。叶秀峰经过思考后觉得王保身战胜另外两人的希望不大，而王思诚与季源溥本来在中统的资历威望不相上下，但是因为叶秀峰与王思诚有矛盾，因此他转而支持季源溥任局长。这样，内调局局长的最后人选确定为季源溥。

　　季源溥担任内调局局长之初，就因为副局长的人选问题和叶秀峰发生了矛盾。李汉魂为了不让内调局的独立性太强，便保荐了张益民担任副局长。季源溥初任内调局局长，对于自己地直接上级李汉魂的面子不能不买，为了能够在内政部站稳脚跟，他“爽快”地同意了李汉魂的要求。这样一来，他就只能拒绝了叶秀峰提出的让王保身出任内调局副局长的要求，这就引起了叶秀峰的不满，叶秀峰也就在内调局的各种事务上和季源溥作对。这两人的矛盾一直到国民政府退往时还没有消除，在时季源溥甚至还曾指使内调局简任秘书万大铉组织“清算团”向叶秀峰清算中统历年的财政账目，让叶秀峰很是难堪了一把。

　　季源溥就任内调局局长后，处心积虑地想要更上一层楼。他工作能力较强，野心也很大，就任内调局局长之初就拟定了一个海外工作计划，并上呈蒋介石批阅。蒋介石批准了他的计划，并承诺拨款10万元，作为海外工作布置经费。这笔经费指定由中央财务委员会支出，而叶秀峰此时兼任中央财务委员会常务委员，他就凭借自己的身份要求只发给内调局4万元，剩下的说 是交由党通局（党通局虽然主体改造成内调局，但是这一机构并没有明文撤销——编者注）支配。内调局虽然是从党通局分离出来的机构，但是由于原党通局的大部分人员都已经划归内调局，现在的党通局不过只是一块空招牌而已，因此季源溥当然认为叶秀峰在有意和自己为难，为此他不同意叶秀峰的做法并与其多次发生争执。

　　内调局成立以后，因为只是内政部下属的一个机构，比原党通局低了一个级别，更谈不上当年中统局时的“辉煌”了，因此这时的内调局已经很难继续保留党通局时的人员规模，无论是编制还是经费都比党通局时期更为减少。为了缓解压力，内调局再次进行了编制的压缩，资遣了一部分人员，这同中统局改组成为党通局时的人员资遣不同，季源溥规定凡是夫妻两人同时在中统（内调局）工作的必须资遣一人。同时季源溥也利用这次人员调整，重新配备了局本部和各省市调查处的人事，排斥原叶秀峰的亲信而安插自己的人，为以后独掌内调局大权提供方便。他在原有的党通局各省市调查处的基础上，又增设了贵阳、重庆、海口、华北、5个办事处。并计划由季源溥本人按照局势的变化情况，随带一个小型的领导班子，机动地往返于各办事处之间。但是由于此后军队一溃千里，季源溥仅在重庆办事处处理过一些问题，很快就逃往再也没有回到。

　　随着解放军的不断推进，季源溥对军队能够坚守已经不抱什么希望，他开始筹划解放后内调局的行动。曾任中统川滇、滇越两路调查统计室主任的刘介鲁回忆道：“根据当时即将解放的具体情况，季源溥对于特务活动的重点，着眼于解放以后，他亲自抓了三件大事。第一，派第一处副处长朱凌云前往香港，筹办一个潜伏特务训练班，计划以香港为华南据点，在解放后派遣特务秘密潜伏，从事搜集情报和破坏活动。第二，与第一处处长张庆恩在广州秘密会商，派黄雨青前往华北某一秘密地点建立华北潜伏据点，然后选派特务进行潜伏活动。这一秘密地点可能是绥远或北平。……北平和平解放前夕，傅作义将军对起义问题犹豫未决时，张庆恩将此情况密电蒋介石，蒋立派徐永昌飞往北平，企图劝阻傅作义部起义。傅作义将军决定起义后，张以私人关系，向傅要飞机，将中统北平、天津两区的大部分特务人员及在华北地区的一些高级特务空运南京。季源溥企图借重张庆恩在华北的势力及关系，建立华北潜伏据点。第三，把情报活动的重点从转移到外围的东南亚一带地区，对形成一个情报包围圈。为此，特拟定计划呈报蒋介石，后经蒋批准拨发银元10万作为海外工作布置费。当时在广州派遣徐公严去越南建立情报据点，这次在广州布置海外工作，据说是他自告奋勇，要求到越南去，得到季源溥的同意，便派他去越南。有人说，徐公严是见大势已去，乘机弄到几根金条去另谋生路。”

　　中统局虽然先是改组为党通局，接着摇身一变成内政部调查局，但特务组织本质未变。在政权败退前，内调局活动更频繁。

　　时间到1949年下旬，国民政府内战节节败退，从南京迁广州，后又迁重庆，想靠西南抗衡。这期间，党通局（内调局）除训练布置潜伏特务，还派王保身带特务去筹备迁移，配几十名管理党派情报业务的特务随各院会迁重庆，配合残余势力建据点。国民政府迁重庆时，这些特务从广州分乘两架飞机前往。

　　1949年9月，绥远省主席董其武酝酿起义消息传到重庆，蒋介石答应拨10万大洋作军费，又密令内调局特务张庆恩（曾任绥远省党部长）劝董其武不要起义，劝阻失败。10月，季源溥到成都与四川省主席王陵基会面，要求划拨10个边缘县，让内调局人员当县长建游击根据地，获王陵基同意。回重庆后季源溥拟定县长名单，因中队推进快，任命状未发四川省就解放了，建游击区想法失败。

　　内调局随国民政府退前，按蒋介石意思在疯狂党和人士。内调局贵阳办事处指挥贵州省调查处，在贵阳市大肆破坏地下组织，逮捕10余名地下党员，先关押审讯，贵阳解放前夕将其全部杀害。这次大逮捕牵连重庆很多与有关的人士，内调局重庆调查处也逮捕包括重庆上清寺《和平日报》记者钟奇（重庆解放前钟奇被杀害于重庆渣滓洞——编者注）、重庆复兴路《国民日报》编辑仇第强、江北任家花园新生中学教师杨君玮等人。为防止人士向解放区靠拢，内调局研究处长徐政还曾提议清查已经前往北平参加中国人民协商会议的人士胡子昂在重庆的财产，得到众人一致同意后，随即对胡的财产进行秘密调查，并将调查材料送交给了重庆市市长杨森，最后将胡子昂在重庆的全部财产予以查封没收。重庆调查处万县分处兼会报秘书陈沼汉也在万县逮捕了一批中员以及其他嫌疑人员，事后他把这些人送交川陕鄂边区绥靖公署关押，后在公署退出万县时，这些人全部被杀害。内调局四川调查处则在成都破获了民革的地下组织，民革川西军事负责人李宗煌等人被逮捕，解放前李宗煌被杀害于重庆渣滓洞，另外一些人被害于成都十二桥。

　　1949年11月15日，第一、二、三野战军攻陷贵阳。29日国民政府从重庆再次迁往成都，蒋介石的以西南为据点与抗衡的计划眼看即将瓦解。面对这样的情况，季源溥等人十分慌张，不久季源溥和秘书万大铉等人，先后乘飞机逃往，留下的特务由仍留在的内调局副局长张益民和第一处处长张庆恩负责领导。11月中旬万县解放后，重庆眼看即将被中队攻占，张益民从重庆逃往成都，很快就乘机前往。剩下的特务一时处于群龙无首的状态，他们便推选张庆恩为总负责人。

　　随着解放军的日益逼近，剩下的特务更是成了惊弓之鸟，纷纷要求逃往。张庆恩召集尚留在的处级以上内调局分子召开会议讨论如何逃跑。他们先是商议好由重庆乘汽车沿川黔、黔桂公路向海南岛方向逃跑，但是因为得知贵阳已经不通电讯，极有可能已被党攻占。因此他们决定改变方向前往成都，但是又担心成都没有飞机可乘。后来他们又想由重庆乘汽车沿川滇公路向印度边境方向逃跑，但是随后又传来了云南省主席卢汉已经率部起义的消息，让这个计划又无法实施。随着这些消息的不断涌来，剩下的特务们几乎成了无头的苍蝇，根本找不到路逃跑。就在他们急得团团转的时候，季源溥从给留在重庆的这些特务们发来了一封电报，特务们见到电报后就像获得了救命稻草一样兴奋。原来季源溥在电报中声称：“已经向航空总司令部交涉好，在渝人员即转成都乘机来台。”第二天，这些特务就乘了4辆卡车、2辆轿车带着家眷全部前往成都。

　　但是，这批人员到达成都后并没有能够等到他们望眼欲穿的飞机。他们只能暂时在成都安置下来，这样一等就是一个星期。这让张庆恩等人十分焦急，他为此不断地向航空站交涉，最后终于争取到了一架小飞机。但是这架飞机仅可乘坐几十人，不可能把剩下的这些特务及其家眷全部带走。为了谁先走的问题，这些留下的人员产生了激烈的争吵，最后张庆恩在与处、科以上人员商议后，决定几条规定：“依照局本部意见，先把必须逃往的人员提出姓名，但是被提名的人，只允许其个人乘坐飞机，其家眷则自行安排，局本部不再照料；处长或者科长以上级别的人员和党派情报处及其他处、科里负责重要业务的人员必须飞往。这里的人员包括张庆恩，处长级别的朱凌云、朱翰、邹春生等人以及科长级别的关中文、陈瑞光等；没有指定前往的特务，则采取抽签的方式来决定剩下的飞机空座；剩下的不能前往的特务，则由内调局发给每人100两黄金自行疏散。”计划是定好了，但是当他们到达机场的时候才发现，这些计划根本就不现实。

　　当这些人到达机场时看到的是一片混乱的景象。当时想要从重庆逃跑的党政人员极多，解放军已经即将进攻成都外围的县城的消息传来，造成了成都新津机场混乱不堪，飞机不断起降，人员繁杂，四处只听见吵闹声。这时的机场人员则乘机倒卖机票，造成了机票价格疯涨。张庆恩、朱凌云、王难三等少数人凭借平时搜刮来的财物向航空站的工作人员经过多方疏通，终于以三两黄金一张机票的价格获得了几张机票，匆匆逃往。而剩下的特务们是既没有钱又没有关系，只能眼睁睁看着他们的上司丢下自己独自逃命，纷纷气得大骂。这些人只能继续与航空站交涉，但是均无结果。后来他们又逃到新都县机场，想要乘胡宗南军队的飞机逃跑，但当他们到达新都机场时，机场已经见不到一架飞机。这样，他们只能无奈地回到成都，住在春熙路西边的一个旅馆内。这些特务们对自己的命运产生了极大的担忧，朱翰等人建议向越南、缅甸边境逃命；邹春生、赵象彬等人则主张通过关系参加军某团举行起义；而另一些人主张就留在成都等解放军占领成都后向投降。由于各方的意见不同，他们就此分散行动。这样，最后一批留在的内调局特务也就各自走上了不同的道路，内调局在的组织就此完全崩溃。

　　政权退往后，蒋介石仍然颇为重视情报特工系统的建设。早在1949年1月，蒋介石宣布隐退，由李宗仁代理中华总统时，蒋就认命陈诚为省主席，蒋经国为省党部主任，经营他们最后的基地。8月在组建总裁办公室时，蒋介石组建了一个直属于总裁办公室的行动委员会，统一领导情报特工工作以及武装的游击行动。这个行动委员会从他的人员组成上就能明显地看出其性质，这个委员会的委员有郑介民、毛人凤、唐纵、季源溥、陶一珊等人，这些人均是原中统及军统的首脑人物。蒋介石指定唐纵为召集人，蒋经国为督导。

　　退守后，蒋介石痛定思痛，决定要对进行大改组。这样一来，对于失去自然要有人负责，执掌党务大权的陈立夫就成了替罪羊，陈因此前往美国定居。内调局的实际最高领袖陈立夫已经倒台，原中统势力也就失去了权力的中心，一时人心惶惶。既然蒋介石要打击陈立夫的势力扶植蒋经国，自然要对其控制的特务组织进行改造。1956年6月，内政部调查局改组成司法院司法行政部调查局，由内政部改属司法院司法行政部，这倒实现了陈立夫等人一心想要利用司法的外衣为特务工作服务的目的，不过现在他已经成为美国的一个自食其力的“农夫”了。不久蒋经国接受了毛人凤的建议，命令中统（内调局）原来所有的业务、组织、人员一律移交军统的国防部情报局。而中统的司法行政部调查局则专门负责地区的“保安防谍”业务，专门对内。

　　直到70年代末之前，调查局的主要工作对象仍是党，它曾负责破坏在的地下组织。在60年代初期的时候，调查局还曾一度奉命打击“”分子。在政权退往的初期，由于蒋介石在采取戒严，利用军队、和特务分子对“”势力进行严厉的打击，因此使得这些“”分子一度销声匿迹。但是因为日本的庇护，这些“”分子便长期在日本活动，仍在不断地与岛内的一些本地士绅联系，积极策划“独立”。

　　这一时期担任调查局局长的是沈之岳，他取代张庆恩成为调查局第三任局长。沈之岳早年毕业于上海复旦大学，还在大学期间就被戴笠看重，据说此人记忆极佳，任何人只要和他有一面之缘，他就能过目不忘。根据一些调查局人员的回忆，调查局的人员不下万人，但是沈“竟然能够逐一叫出每一位调查员的名字，甚至对所有调查局同志的家庭情况、亲属老小如数家珍”。在被戴笠引荐给蒋介石后不久，沈之岳就被派往延安，参加党创办的抗日军政大学。据说他在成为党员的9年中，竟有7年被评为模范党员。在党卧底期间，他获得了大量的重要情报，甚至有传言当年的皖南事变也是因为他将的军事秘密透露给了方面。1941年间，沈之岳才离开延安到达重庆，此后历任军统局科长、东南站站长、军委会忠义救淞沪指挥部部主任、国防部保密局科长。

　　应该说，从头到尾沈之岳都是军统的人，由他出任司法行政部调查局主任标志着中统在与军统的数十年的权力斗争中最终还是败下阵来。其实这时因为原两统的机构和人员的互相交流、融合，到最后两统的门派之见已经逐渐消除了，因此说是军统胜利了这句话也不甚准确。沈之岳担任调查局长后，对“”势力采取了“剿抚兼施、恩威并济”的手段，最终重创了岛内外的“”势力。这期间他的最大成果是“”分子重要的领袖廖文毅向投诚。1965年9月14日晚，“国民政府驻日使馆”向日本新闻界发了一则消息：“一向主张独立，并且自称为‘共和国临时政府大统领’的廖文毅，已于今天下午6时30分，搭乘民航公司的班机，离此飞往台北。”第二天，廖文毅在台北宣布解散他领导的“独立统一战线”，并呼吁过去接受他领导的朋友也放弃错误的“”主张。廖文毅的投诚无疑给岛内外的“”势力以重大的打击，使其一度一蹶不振，直到蒋经国开放“”后，这一势力才又开始重新活动起来。

　　1980年8月，司法行政部调查局再次更名为法务部调查局。这时的蒋介石已经去世，直到他临死前都念念不忘的最终也没能实现，而其一手扶植起来的特务组织军统和中统，也随着政权的败退而偏居一隅渐渐趋于解体。直到两蒋都去世后，虽然仍然设有情报特工组织，但是军统和中统作为国民政府最大的两个特务组织已经成为过去式，只留给现在的人们以无尽的传说和遐想。